广西农业科学院微生物研究所（食用菌研究所）成立于2009年，是食药用菌和农业微生物基础及应用基础研究的省级科研机构。主要从事食药用菌种质资源收集、保存、评价和遗传育种、高质高效栽培；药用真菌有效成分分析及产品开发；农业微生物种质资源挖掘与创新利用、微生物发酵工程、功能菌剂（产品）研发、先进适用品种、技术引进、试验示范推广等。